دانلود جزوه بیوشیمی کروماتین

دانلود جزوه بیوشیمی کروماتین دانشگاه پیام نور

جزوه بیوشیمی کروماتین دانشگاه پیام نور که توسط دکتر بهزاد لامع راد، دکتر عباس گل بداق و دکتر شهریار سعیدیان تهیه شده است

کروماتین مجموعه ای از پروتئین ها و DNA است که کروموزوم ها را در داخل هسته سلول های یوکاریوتی می سازند. DNA داخل هسته به صورت رشته های خطی نیستند بلکه به شکل فشرده در اطراف پروتئین های خاصی می پیچند و بدین ترتیب داخل هسته جای می گیرند.

فهرست مطالب جزوه بیوشیمی کروماتین :

فصل ۱: مروری بر تفاوت های سلول های پروکاریوت و یوکاریوت

• مقدمه
• تفاوت بین سلول های پروکاریوت و یوکاریوت
• منابع

فصل ۲: ساختار DNA

• کروماتین
• ساختار DNA
• تمرین
• منابع

فصل ۳: نسخه برداری در پروکاریوت ها و چگونگی تنظیم نسخه برداری

• مقدمه
• اصول مرکزی
• مراحل کنترل نسخه برداری
• نسخه برداری در پروکاریوت ها
• پروموترهای باکتری E.coli
• اپرون ها
• نقش فاکتور σ در تشخیص پروموترها
• پروتئین های پیوندی به DNA متکی به لیگاند
• تنظیم متکی به لیگاند در اپرون lac
• اندرکنش های پروتئین با DNA
• تشخیص DNA توسط پروتئین های helix- turn- helix
• پروتئین های پیوندی به DNA از دمین های عملکردی مختلف ساخته شده اند
• اتصال پروتئین به DNA می تواند تغییرات ساختاری در پروتئین و DNA به وجود آورد
• سایر موتیف هایی که قابلیت اتصال به DNA را دارند
• طبیعت اتصال DNA به پروتئین
• تمرین
• منابع

فصل ۴: نسخه برداری در یوکاریوت ها

• مقدمه
• پیدایش سلول های یوکاریوت
• ساده ترین یوکاریوت ها
• موجودات پرسلولی
• هر چه ژنوم ها بزرگتر شوند، چگالی ژنها کاهش می یابد
• ژنهای یوکاریوت های عالی و DNA غیر کد شونده
• اسپلی سوزوم و نقش آن در نسخه برداری
• ماشین نسخه برداری در یوکاریوت ها
• یک نونه ژن یوکاریوتی
• فاکتورهای کلی نسخه برداری، TAF ها و کمپلکس پیش شروع PolII
• TAF ها به توالی های روی DNA خارج از TATA BOX متصل می شوند و ویژگی پروموتری فراهم می کنند
• اتصال TAF ها به پروتئین های فعال کننده موجب تسهیل در اتصال پروموتر می شود
• TAF ها موجب مونتاژ فاکتورهای نسخه برداری می شوند و کمپلکس PIC را کامل می کنند
• نسخه برداری توسط PolI و PolIII
• مرحله طویل شدن نسخه برداری
• ملاحظات تجربی
• مشکلات ژنوم بزرگ: چرا آنها تا این اندازه پیچیده شده اند؟
• تمرین
• منابع

فصل ۵: نوکلئوزوم: واحد ساختاری کروماتین ها

• مقدمه
• کشف چگونگی بسته بندی DNA در هسته سلول
• ساختار زیر واحدهای کروماتین
• ساختار نوکلئوزوم
• ساختار ذره هسته با وضوح بالا
• اندرکنش های هیستون – هیستون در نوکلئوزوم
• DNA نوکلوزومی
• اندرکنش های هیستون DNA
• مونتاژ و از هم باز شدن نوکلئوزوم
• تمرین
• منابع

فصل ۶: تغییرات ژنتیکی در هیستون ها

• مقدمه
• دنباله های هیستونی
• تغییرات هیستون ها
• تفاوت بین هیستون ها
• تمرین
• منابع

فصل ۷: سازماندهی ساختار کروماتین با درجه نظم بالاتر

• مقدمه
• رشته های ۳۰ نانومتری
• لوپ های DNA
• ماتریکس هسته ای و داربست های کروموزومی
• نواحی مربوط به داربست با ماتریکس
• دمین های عملکردی و نوارهای کروموزومی
• لوپ ها، SAR/MAR و نوارهای کروموزومی
• اهمیت عملکرد نورهای کروموزومی
• ترکیب کروماتین در نوارهای کروموزومی
• توارها در کروموزوم انترفازی
• دمین های هسته ای و ساختار هسته در انترفاز
• تمرین
• منابع

فصل ۸: نسخه برداری در حضور کروماتین

• مقدمه
• ژن ها حتی وقتی نسخه برداری می شوند، درون نوکلئوزوم ها بسته بندی شده اند
• ساختار کروماتین هنگام نسخه برداری از ژن
• آزمایش های ژنتیکی در مخمر اهمیت هیستون ها را در تنظیم بیان ژن نشان می دهند
• تغییر در ساختار کروماتین قبل از فعال شدن ژن
• افزایش استیلاسیون هیستون ها قبل یا همراه با شروع نسخه برداری
• جایگاه هایی با حساسیت بالا به DNAseI
• اهمیت عملکرد DHS
• موقعیت نوکلئوزوم ها در شرایط داخل سلولی و خارج سلولی
• تعیین موقعیت نوکلئوزوم با کمک توالی DNA
• حفظ تحرک نوکلئوزوم های مستقر در DNA
• استقرار قطعی نوکلئوزوم ها در شرایط داخل سلولی
• ژن PHO5
• دمین های کروماتین
• تمرین
• منابع

فصل ۹: ارتباط دستگاه نسخه برداری با کروماتین

• مقدمه
• بررسی اتصال فاکتورهای نسخه برداری در شرایط خارج سلولی
• گزارش هایی در مورد انرژی پیوندی
• نوکلئوزوم B ویروس تومور پستان موش نمونه ای از نوکلئوزوم فشرده
• چگونگی توزیع عنامل سرکوبگر کروماتین
• نوکلئوزوم ها به ندرت باعث افزایش نسخه برداری می شوند
• فرصت های موجود زنده برای همانندسازی DNA
• کروماتین و مرحله طویل شدن نسخه برداری
• تمرین
• منابع

فصل ۱۰: ماشین بازسازی کروماتین

• مقدمه
• آنزیم هایی که در بازسازی نوکلئوزوم ها دخالت دارند
• خانواده SWI/SNF
• کمپلکس های SWI/SNF پستانداران
• خانواده ISWI
• خانواده Mi‐۲
• استیل ترانسفرازهای هیستونی (HATs)
• استیل ترانسفرازهای سیتوپلاسمی
• HAT های هسته ای و کواکتیواتورهای نسخه برداری
• داستیلازهای هیستونی
• گیرنده های هسته ای
• کروماتین و سرطان
• گیرنده رتینوئیک اسید و لوکمیاپرومیلوسینیک
• پروتئین های AML1 و ETP
• کمپلکس GCN5- ADA2- ADA3
• نقش SAGA در سنتز آنزیم گالاکتوکیناز
• تمرین
• منابع

فصل ۱۱: هتروکروماتین

• مقدمه
• هتروکروماتین α و β در دروزوفیلا
• هتروکروماتین اختیاری و اجباری
• هتروکروماتین DNA
• ژن های هتروکروماتین
• پروتئین های هتروکروماتین
• هیستون ها در هتروکروماتین
• پروتئین های غیر هیستونی در هتروکروماتین
• پروتئین های واکنش دهنده با HP1
• ایجاد تنوع توسط جایگاه اثر
• ساختار کروماتین و PEV
• مشاهدات اخیر در خصوص مکانیسم PEV
• پروتئین هایی که روی PEV اثر می گذارند: (var)E, (var)Su
• چگونگی انتشار هتروکروماتین
• تشکیل هتروکروماتین و موقعیت داخل هسته ای
• بیان ژن در هتروکروماتین پستانداران
• فعالیت کاتالیزوری Su(var) پستاداران
• تلومرها
• تمرین
• منابع