پایگاه علمی سعید سان دانلود رایگان مقالات علمی کنفرانس و ژورنال
جنبه های تکنیکی پروتئومیک کارکردی در گیاهان
چکیده
از زمان تکمیل توالی های ژنومی ارگانیسم های متعدد ، تجزیه و تحلیل پروتئوم توجهات را به تعیین کارکرد و شبکۀ کارکردی پروتئین ها معطوف کرده است.این تجزیه و تحلیل با جدا سازی و شناسایی پروتئین ها،تعیین کارکرد و نقش آنها و شبکۀ کارکردی و ساخت یک پایگاه داده ایی مناسب حاصل می شود.پیشرفت های بسیاری در زمینۀ جداسازی و شناسایی پروتئین ها مانند الکتروفروز دو بعدی ،کروماتوگرافی نانو مایع و طیف سنجی جرمی به سرعت حاصل شده اند. برخی تکنولوژی های جدید مانند طیف سنجی جرمی بالا- پایین و خاص سازی میل ترکیبی پشت سر هم(tandem affinity purification) بوجود آمده است. این روش ها امکان تجزیه و حلیل توان عملیاتی زیاد کارکرد و شبکۀ کارکردیپروتئین ها در گیاهان را فراهم می کند. اما برای رسیدگی به اطلاعات زیاد حاصل از این تجزیه و تحلیل های پروتئوم ، روش ها و نرم افزارهای پیچیده تری لازم است. پیشرفت و انطباق این تکنیک ها ، تجزیه و تحلیل برش عمودی پروتئین ، شناسایی تغییرات بعد از ترجمه و فعل و انفعال پروتئین- پروتئین را آسان می کند که برای روشن سازی وظایف پروتئین حیاتی است.
- مقدمه
آنالیز توالی DNAژنومی که در دهۀ 1990 در مقیاس کامل آغاز شددر طی دهۀ گذشته پیشرفت سریع داشته است. کل توالی DNAژنومی در حال حاضر برای بسیاری از ارگانیسم ها مانند گیاهان عالی ، حیوانات و انسان وجود می باشد.بر اساس این آنالیز، تعداد ژن های موجود در ژنوم برآورد شده است. برای نمونه، تصور می شود که حدود 32000 ژن رمزگذار پروتئین ها در ژنوم انسان وجود دارد کهکه نشان دهندۀ آن است که پروتئوم انسان حداقل 32000 پروتئین دارد. فقط نقش 50%پروتئنی ها با بازیابی پایگاه داده های موجود تعیین شده است.موقعیت های مشابه نیز در سایر ارگانیسم ها وجود دارد که نشانگر لزوم تعیین کارکرد پروتئین های ناشناخته و شبکۀ کارکردی آنها از طریق آنالیز پروتئوم می باشد. اخیرا توجه زیادی به آنالیز transcriptome معطوف شده است که آنالیز جامع در سطح رونوشتی ژن ها محسوب می شود. با وجود اینکه می توان بیان ژن را در سطح رونوشتی تجزیه و آنالیز کرد اما بیان پروتئین از بیان ژن به دلیل همبستگی نسبتا کم (ضریب همبستگی حدود 0.5) در کمیت بین mRNA و پروتئین همیشه قابل تجزیه و آنالیز نیست( اندرسون و سیل هامر 1997). علاوه بر این، توالی DNA و بیان mRNA اطلاعاتی دربارۀ تغییر بعد از ترجمه ایی پروتئین، ساختار و فعل و انفعال پروتئین- پروتئین در اختیار ما قرار نمی دهد. تقریبا تمام پروتئین ها بعد از ترجمه تغییر و اصلاح می شوند و سپس ساختار خاصی را تشکیل می دهند و از طریق فعل و انفعال پروتئین- پروتئین (لیگاند) عمل می کنند. بنابراین تجزیه و آنالیز خود پروتئین حائز اهمیت است.
Technical aspects of functional proteomics in plants
Hisashi Hirano a,*, Nazrul Islam b, Hiroshi Kawasaki a
a Kihara Institute for Biological Research, Yokohama City University, Yokohama 244-0813, Japan
b CSIRO Entomology, Canberra, ACT 2601, Australia
Received 10 January 2004; received in revised form 14 April 2004
Available online
Abstract
Since the completion of genome sequences of several organisms, attention has been focused to determine the function and
functional network of proteins by proteome analysis. This analysis is achieved by separation and identification of proteins, determination of their function and functional network, and construction of an appropriate database. Many improvements in separation and identification of proteins, such as two-dimensional electrophoresis, nano-liquid chromatography and mass
spectrometry, have rapidly been achieved. Some new techniques which include top-down mass spectrometry and tandem affinity
purification have emerged. These techniques have provided the possibility of high-throughput analysis of function and functional
network of proteins in plants. However, to cope with the huge information emerging from proteome analyses, more sophisticated
techniques and software are essential. The development and adaptation of such techniques will ease analyses of protein profiling,
identification of post-translational modifications and protein–protein interaction, which are vital for elucidation of the protein
functions.
2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Keywords: Proteome; Porteomics; Mass spectrometry; Protein profiling; Post-translational modification; Protein–protein interaction; Plant
این فایل ورد ترجمه در 11 صفحه و فایل اصلی لاتین pdf مقاله در 12 صفحه به خدمتتون ارائه میشود.