منار زین الدین را خواجه زینالدین، برادر خواجه عمادالدین محمود ( توسعه دهنده مسجد میر عماد و بناهای میدان سنگ ) در دوره جهانشاه قراقوینلوی در نیمه دوم قرن نهم هجری قمری ساخت. در کنار این مناره خانقاهی نیز بنا کرد که امروزه چیزی از آن باقی نمانده است و به جای آن مسجدی احداث کردهاند.
این مناره در حال حاضر با نیمی از ارتفاع اولیه در خیابان ملا حبیب الله شریف ( دروازه اصفهان ) دیده میشود. در حوالی سال 1305 به دستور شهردار وقت کاشان و با پرداخت مبلغی معادل یک هزار تومان به معمار خبرهای به نام حاج حسینعلی، حدود 24 متر از ارتفاع این مناره تخریب شد. حال آنکه معمار سازنده اولیه مناره تعمدا آن را به صورت خمیده ساخته بود. در بعضی از قسمتهای بدنه بیرونی مناره، با استفاده از کاشیهای فیروزهای، در محیط مناره نوار کمربند مانندی ساخته شده بود که تا بهار 1391 برجا بود. در این زمان دزدان با استفاده از داربستهایی که برای مرمت مناره نصب شده بود، این کاشیهای فیروزهای را به سرقت بردند. برای آگاهی بیشتر از ماجرای تخریب مناره مراجعه کنید به: « یادداشتهای حجت الاسلام شیخ علی ادیب کاشانی »، نامه کاشان، به کوشش افشین عاطفی، دفتر دوم ( کاشان: همگام با هستی،) 1388، ص- 104 . و .
تصویر اصلی وضعیت کنونی منار زینالدین در سال 1390
تصویر دوم منار زینالدین در سفرنامه دیولافوآ